关于理、气的问题，在中国古文献中是论述得比较多的概念。用现代的语言表达，理可以说是总规律、是“道 ”；气在古文化中一般代表“体”，在古人眼里，实体向不可观的气转化，是看不见的。如一碗水过两天没了、蒸发了，木头一烧产生火、烟，化成了灰烬。当然那时对物质以场的形态存在就更不理解。古人已经从虚实转化的象变悟出了，实体是按照理由气转化而来，所以有“气象万千”之说。今日我们生活在原子物理时代，已知的组成物质的最小微粒是基本粒子，而又知基本粒子并不基本，因为又发现了质能转变。我们结合精神现象的追本探源，知道，如果不把光子——能量团唯象地加上一个“灵”字，从原初上没含有灵机，那么无论在什么样的各种不同条件下、经过多少种的变化，也演不出精神现象——灵性来，因为它没含有产生灵性的“几”。所以，我们把宇宙原初的最基本的东西光子，称之为 灵光子 。这就是“唯人之象”，在原初的设定中埋下能发展成“人”的“几”（即内因）。
至于理与气的关系，就是物质和运动的关系，世界上不存在无运动的物质，也不存在无物质的运动，道体不离不弃，理是气之理、气是理之气。这在现实中就表现为气的本质与它表现出来的象的统一，物质和它的存在的方式的统一。
关于“理与气”何者为先之争自古以来就从未停止过，并表现为唯心主义和唯物主义之争，其争论的结果，至今谁也未能说服谁。从《社会科学大词典》关于 [ 理气 ] 词条给出的注释可见一斑。
理、气是 “中国古代哲学的一对重要范畴。‘理’一般指事物的原则、准则或者是规律等等；‘气’指一种精微的物质。”
“宋明时期，‘理’、‘气’关系成为哲学上论争的重大问题之一。唯心主义者认为‘理’是万物的本原、理气关系是‘理’在先，‘理’生‘气’。如朱熹认为‘未有 天地 之先，毕竟也只是理’，‘有是理，后生是 气 ’，从而把‘理’看作是第一性的、本原的，‘气’是第二性的、派生的。唯物主义者则认为物质性的‘气’是第一性的、是本原的，而‘理’是第二性的、是派生的。如王夫之认为‘理’是万事当然之则（即万物的固有规律），‘气’则是阴阳变化的物质实体。‘理’和‘气’的关系是物质实体和其规律的关系，‘气者，理之依也’，‘理即是气之理’，‘理在气中’，‘气外更无虚托孤立之理’” 。
这段解释说明，关于理在先还是气在先，并无定论。在近代，恩格斯对这一问题从认识论上做的总结是：关于物质是第一性还是精神（理）是第一性的问题，他说，凡是承认物质是第一性的人是唯物主义，凡是承认精神是第一性的人是唯心主义。结果，关于唯物、唯心，成了认识论的第一个公理性前提，成了一种公设或者说是信仰。对于这一认识，我们就《本元论》一书中对中、西方哲学进行探源，才体认到这是一个关于哲学开端问题的探求，是最为棘手的问题。因为受到历史当时的时代限制，在前人对人类的意识的开端、精神现象的本质和起源不能解决之前，关于物质与精神何者为第一性的问题，确实只能把它作为不同学派的公理性前提设定下来。犹如，佛教把宇宙起源设定为“真如自在、本然如此”，简称“如来”；基督教设定“上帝创造”一样，几千年来，争论不休，直至现代还在争论。
前面我们说过，关于这个问题，在第二卷《九圣归元》一书中，我们在走过了人类的精神历程，吸取现代科学素养把宇宙的起源、生命的起源、人类的起源、意识的开端建立在自圆其说的基础上，并吸收了现代信息论的素养之后，才认识了精神现象的本质。从而才使我们得到了如下的结论：
精神是物质的精神，是物质在一定的结构下所反映出来的功能。所以，在物质（宇宙）运化未产生这种具有主观精神功能的结构之前，根本不存在（人类）意识——主观精神。 当然也就不存在“吾心便是宇宙、宇宙便是吾心”的说教。可见，就宇宙的发展而言。当然是物质在先，人的主观精神在后，这里所说的人的主观精神在后，并不排除物质含有发展成主观精神的“几”、即内因。就如鸡蛋一样，如果不是受精卵，它就不会有发展成小鸡的“几”，再孵化、它也发展不成小鸡。这就是我们在前面把现代人们所能认知的最精微的物质光子，设定为 灵 光子的原因。因为唯今日宇宙发展之大象，人是其中的一部分，所以，人这个宇宙发展中最后的一朵灿烂、美丽的花朵，不管多么复杂与多变，它早已含在原初的前提设定之中。如果对人的精神现象上溯追求探索，如果在它的前提、光子中，根本没含有发展成它的“几”，那么无论在何种条件下，经过何种过程，它也不能发展成“人”，从而具有的精神现象。但我们把光子设定为灵光子，并不表明灵光子就具有主观精神。因为鸡蛋具有发展成鸡的内因——“几”，但鸡蛋终归不是小鸡，鸡蛋要发展成小鸡则需要一定的条件，这个条件对鸡蛋发展成鸡来说就是孵化。所以，灵光子只有经过长链条的不同的适当的条件的组织过程才能发展成人，从而具有人的主观精神。这一长链条的发展过程，就是宇宙实践发展出生命、生命实践发展成人的过程。
通过对人的生存条件的唯象分析可知，人能在宇宙中形成、存在和发展，所要求的条件可以说是非常苛刻的。就拿水的性质来说吧！水的比重在 4 ℃ 时最大，而结冰的固体反而不如 4 ℃的水的比重大。就这一个性质来说，如果不存在，就没有了人类。因为如果冰的比重比水大，则河里的冰就从河底开始结冰，随着温度下降才慢慢冻结到河面，那样的话，我们冬季就不用凿冰洞网鱼了，因为鱼都已经在冰面上躺倒了，我们只要拣起来就成了。结果第二年开冻后，河里一条鱼也就没有了，鱼也就灭种了，人的产生也就化为乌有。关于人类起源的过程我这里不再赘述。有兴趣，您可以看一看 《本元论》。
通过以上分析可知，就宇宙的运化过程而言，当然物质是第一性、精神是第二性，吾心是宇宙运化所留下的剩余模式。
在这里，我们指的是“唯心主义”不言而喻是第二性，这里所说的第二性已经不是主观的承认，而是逻辑的结论。但是关于 [ 理·气 ] 之争论，仅仅证明物质是第一性的、精神是第二性的，并未使 [ 理·气 ] 何者是第一性的问题得到解决。因为，“理”就其内涵也可以有两种理解。
一种是中国古人所称之为的“道”，是自在、自为的自然之理，这个“理”对人来说是一个无穷尽的谜，用老子的话说是 “象帝之先” 。用我的话说是由灵光子产生一切具象的根据。“象帝之先”中的“象”是指天下一切事物，“帝”是首、是头，“象帝”是一切事物追求到了尽头，就是原初的象，而原初的象所包含有的根据，就称之为“象帝之先”。对这一无穷尽的谜——道，老子形容它说：“道之为物，惟恍惟惚，惚兮恍兮、其中有象，恍兮惚兮、其中有物，窈兮冥兮、其中有精，其精甚真、其中有信。”在这里老子所说的“其中有精、其精甚真，”指的就是规律，就是孔子所说的“天命之谓性”，而“其中有信”则指的是这种规律，是真实的而不失信誉的。如万有引力是规律，不管你在哪里、地球上任何地方向天空扔出一块石头，它都得落下来掉在地上，决不失信。
人的认识能力，就是一步一步地为追求这个谜底，不断地在科学研究上有所发明、有所创造。从而对事物的性质有逐步深入的理解。可知，这个自在、自为的自然之“理”、“象帝之先”，或如老子所说“道法自然”，是永远也离不开物质的，离不开“自然”的。这就是我在书中所说的 [ 道·体 ] 、 [ 理·气 ] 不离不弃谓之“玄”、即“元”的道理，把两者明白更确切地表达出来就是元无—有。用佛学的话说就是“色不离空、空不离色”。
另一种是在人类产生以后，人所认识了的“理”。这个“理”是人类实践中的“理”，是相对真理。首先这个“理”无不以一定的时间、地点、条件为转移；其次这个理，说它是客观的、不如说它同时就是主观的，因为这个“理”是唯象的主观抽象物。而在得到了这个主观抽象物——“理”之后，同时就以这个“理”返回了客观，使客观成了被主观异化了的客观，也就是说，这个客观已经不是自在、自为的客观，这个客观已经成为了主观精神的异在。在这种情况下，谈论客观在先还是主观在先，均会导致主观与客观脱离的认识论，均是认识论上的一偏，并导向认识上的悖论。
如果单纯强调客观在先，就丢掉了人的主观的创造性，就丢掉了人性，就没了理性的飞跃。而失掉了理性的飞跃，就连一个简单的“概念”也抽象不出来，从而就没了形而之上的“理”。也就是没有了“唯象之理”的理。而没有了“唯象之理”，科学就失去了公理性的前提或者说公设，科学也就化为了乌有。如果单纯强调主观，强调理在先，对从小住牢房的明英宗来说，他的心就没有宇宙、只有牢房了。理在先从何言起。二十世纪五十年代曾有过“桌子在先还是桌子的图纸在先”的哲学讨论，讨论来讨论去，也很难说清谁在先，结果还是归并到恩格斯的结论，凡认为桌子在前的是唯物主义，凡认为图纸在先的是唯心主义。其实这种讨论本身就是理·气二元论，是主观与客观分离产生了不可解决的悖论。可见在人类产生之后，理（人理）与气的关系是实践的关系，是主观与客观不离不弃的关系，是“天人合一”的关系，因此离开了实践，割断了主观与客观之间的联系，是什么也说不清楚的。
这里应强调的是，在人类产生之后，人就具有区别于动物的知性，即探索和把握“自然”规律的能力。凭借这种能力、通过实践不但能了解“自然”，而且能把握、发明目标与达到目标的手段，均说明人的行为已经越出了动物行为本能。人在做事之前，是想好了才干的，这种“想好了”的结果就是“理”，这个“理”可以表现为规划、计划、图纸……可见就人类产生后，人的行为（制器）无不以“理”为先，在这种意义上才能说：“有是理、后生是气”。
通过以上分析可知，在人类产生后，关于人对物质世界（包括对人自身）的认识，所推出的“理”当然是以理在先去认识具体的事物，而且也正是遵从“理”（即规律），才能使物质构成一定组织结构的表现形象和自身具备的功能。所以朱熹说，“有是理，后生是气”。今日之一切发明，均是先认识具体规律的基础之上，先有此“理”——发明、设计、创造，才有具体的商品——飞机、计算机……而这个理是否正确，发明、创造是否成功，仍要经过实践的检验，成功则证明理为“真”、否则为“假”。真真假假，假假真真，表现的全是人类实践理念元人—客的过程中的存在。即通常人们所说的，真理是一过程，这个过程也只有用人类实践理念元人—客的过程去检验。这就是历史的辩证法，就是人类产生后“理”与“气”的关系。